രാഷ്‌ട്രപതി ഭരണത്തിലാണ്‌ കേരളം 1980ലെ തെരഞ്ഞെടുപ്പിനൊരുങ്ങിയത്‌. ഐക്യമുന്നണിയിലെ ഐക്യമില്ലായ്‌മ തീര്‍ത്ത പ്രതിസന്ധി കേരളാ രാഷ്‌ട്രീയത്തെ അനുദിനം പ്രക്ഷുബ്ധമാക്കി. ഇന്ദിരയെ ചോദ്യം ചെയ്‌ത്‌ ഇറങ്ങിപ്പോയ ആന്റണിയും കൂട്ടരും ചെന്നെത്തിയത്‌ ഇടതുപക്ഷത്തായിരുന്നു. ഇടതുമുന്നണിയെ നയിക്കാന്‍ അപ്രതീക്ഷിതമായാണ്‌ ഏറമ്പാല കൃഷ്‌ണന്‍ നായനാര്‍ എത്തിയത്‌. പിന്നിട്‌ പലതവണയായി പതിനൊന്ന്‌ വര്‍ഷക്കാലം അദ്ദേഹം കേരളം ഭരിച്ചു.
ആന്റണിയെ കൂടെകൂട്ടി ആദ്യം ഭരണത്തിലേറിയെങ്കിലും കാലവാവധി തികയ്‌ക്കാന്‍ നായനാര്‍ക്ക്‌ കഴിഞ്ഞില്ല. ആന്റണിയും കൂട്ടരും ഇറങ്ങിപ്പോയപ്പോള്‍ നായനാര്‍ മന്ത്രിസഭയ്‌ക്ക്‌ ഭൂരിപക്ഷം നഷ്ടമായി. 1980 ജനുവരി 25ന് കയറിയ നായനാര്‍ മന്ത്രിസഭ രണ്ട് വര്‍ഷം പോലും തികയ്‌ക്കാനാകാതെ 1981 ഒക്ടോബര്‍ 20ന് കൂപ്പുകുത്തി. പിന്നെയും കേരളത്തില്‍ രാഷ്‌ട്രപതിഭരണം.
പിന്നീട്‌ കേരളത്തില്‍ കരുണാകരന്റെ വസന്തകാലമായിരുന്നു. ഒടുവില്‍ നായനാര്‍ തിരിച്ച്‌ മുഖ്യമന്ത്രി പദത്തിലെത്തിയത്‌ 1987ല്‍. കാലാവധി പൂര്‍ത്തിയാക്കുന്നതിന്‌ തൊട്ടുമുമ്പ്‌ മന്ത്രിസഭ രാജിവെച്ച്‌ തെരഞ്ഞെടുപ്പ്‌ നേരിട്ടു. തുടര്‍ഭരണം ലക്ഷ്യമിട്ടെങ്കിലും രാജീവ്‌ ഗാന്ധിയുടെ മരണത്തിലുണ്ടായ സഹതാപ തരംഗം തിരിച്ചടിയായി. വീണ്ടും പ്രതിപക്ഷത്ത്‌. മൂന്നാം തവണ മുഖ്യമന്ത്രിയാകുന്നത്‌ 1996ലാണ്‌. അന്ന്‌ നിയമസഭാംഗമല്ലാത്ത നായനാര്‍ക്ക്‌ പാര്‍ട്ടി മുഖ്യമന്ത്രി കസേര നല്‍കി. പിന്നീട്‌ സ്വന്തം തട്ടകമായ കണ്ണൂരിലെ തലശേരിയില്‍ നിന്ന ഉപതെരഞ്ഞെടുപ്പിലൂടെ നായനാര്‍ നിയമസഭയിലെത്തി. അഞ്ച്‌ വര്‍ഷം കാലവാധി തികച്ച്‌ 2001ല്‍ അദ്ദേഹം പടിയിറങ്ങി
ഭൂപരിഷ്‌കരണ രംഗത്തും തൊഴിലാളി ക്ഷേമത്തിലും ഒട്ടനവധി സംഭാവനകള്‍ നായനാര്‍ നല്‍കി. കയര്‍, ഖാദി, അബ്‌ക്കാരി, നിര്‍മ്മാണ മേഖലകളില്‍ ക്ഷേമനിധി ഏര്‍പ്പെടുത്തി. കണ്ണൂര്‍ സര്‍വ്വകലാശാല, ടെക്‌നോപാര്‍ക്ക്‌ എന്നിവ സ്ഥാപിക്കപ്പെട്ടതും നായനാരുടെ കാലത്താണ്‌. ദേശാഭിമാനി പത്രത്തിന്റെ പത്രാധിപരായ നായനാര്‍ 92ല്‍ സിപിഎം സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറിയായും പ്രവര്‍ത്തിച്ചു. രാഷ്‌ട്രീയത്തിനതീതമായി ചിരിക്കുന്ന മുഖമായിരുന്നു നായനാര്‍.
2001ല്‍ മുഖ്യമന്ത്രിപദം രാജിവെച്ചെങ്കിലും ഇടത്‌പക്ഷരാഷ്‌ട്രീയത്തില്‍ നായനാര്‍ സജീവമായി നിന്നു. 2004ല്‍ ഡല്‍ഹിയിലെ എയിംസ്‌ ആശുപത്രിയില്‍വെച്ച്‌ തന്റെ 85ആം വയസില്‍ ഇകെ നായനാര്‍ വിടവാങ്ങി. ഒരുപാട്‌ ചിരി നിമിഷങ്ങള്‍ ബാക്കിയാക്കി.
