മുഖ്യമന്ത്രി പട്ടം താണുപിള്ള ഗവര്ണറായി പഞ്ചാബിലേക്ക് വണ്ടികയറിയപ്പോഴാണ് ഉപമുഖ്യമന്ത്രി ആര് ശങ്കറിന് സ്ഥാനക്കയറ്റം ലഭിക്കുന്നത്. 1962 സെപ്റ്റംബര് 26ന് കേരളത്തിന്റെ മൂന്നാമത് മുഖ്യമന്ത്രിയായി ആര് ശങ്കര് അധികാരമേറ്റു. കണ്ണൂരില് നിന്നാണ് അദ്ദേഹം നിയമസഭയിലെത്തിയത്. എന്നാല് പ്രതിപക്ഷത്തേക്കാള് വലിയ എതിര്പ്പായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന് സ്വന്തം തട്ടകത്തില് നിന്ന് നേരിടേണ്ടിവന്നത്.
ശങ്കറും ആഭ്യന്തരമന്ത്രി ചാക്കോയും ഒരുപക്ഷത്തും പാര്ട്ടിയിലെ മലബാര് വിഭാഗം മറുപക്ഷത്തും നിലയുറപ്പിച്ചു. പിടി ചാക്കോയ്ക്കെതിരെ ഒരു സ്ത്രീയുടെ പേരില് ഉയര്ന്ന വിവാദം കേരളരാഷ്ട്രീയത്തെ പിടിച്ചുലച്ചു. ആത്മസുഹൃത്തായ ശങ്കറും കൈവിട്ടതോടെ ചാക്കോ വിരുദ്ധനായി. ചാക്കോയുടെ പിന്ഗാമിയായെത്തിയ കെ എം ജോര്ജ്ജ് ശങ്കറിനെതിരെയുള്ള പോരാട്ടത്തിന് ആക്കം കൂട്ടി. 15 വിമത കോണ്ഗ്രസ് എംഎല്എമാര് നിയമസഭയില് പ്രത്യേകം ഇരിക്കണമെന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ടു. ആര് ബാലകൃഷ്ണപിള്ളയും വിമതനീക്കത്തില് സജീവമായി. അവസരം മുതലാക്കിയ പ്രതിപക്ഷം അവിശ്വാസപ്രമേയവുമായി രംഗത്തെത്തി. അമ്പതിനെതിരെ 73 വോട്ടുകള്ക്ക് അവിശ്വാസപ്രമേയം വിജയിച്ചപ്പോള് ആര് ശങ്കറിന് മുഖ്യമന്ത്രി കസേരയും നഷ്ടമായി. കാലാവധി തികയ്ക്കാന് അഞ്ച് മാസം മാത്രം ബാക്കി നില്ക്കെ ശങ്കറിന് പടിയിറങ്ങേണ്ടിവന്നു.
മന്ത്രിസഭ കൂപ്പുകുത്തിയതിന് ശേഷം സജീവ രാഷ്ട്രീയത്തോട് വിടപറഞ്ഞ ആര് ശങ്കര് എസ് എന് ട്രസ്റ്റിന്റെ പ്രവര്ത്തനങ്ങളില് ഒതുങ്ങി. പിന്നീട് 1965ല് വീണ്ടും നിയമസഭയിലേക്ക് മത്സരിക്കാന് ശ്രമിച്ചെങ്കിലും പരാജയപ്പെട്ടു. കോണ്ഗ്രസുമായുള്ള പിണക്കവും ഇണക്കവും ആര് ശങ്കര് തുടര്ന്നു. ഒടുവില് എഐസിസിയുടെ നിര്ദ്ദേശപ്രകാരം ചിറയിന്കീഴില് നിന്ന് ലോക്സഭയിലേക്ക് മത്സരിച്ചെങ്കിലും പരാജയമായിരുന്നു അന്തിമ ഫലം. കോണ്ഗ്രസിന്റെ അധികാര വടംവലിയില് ഇരയായ രാഷ്ട്രീയ ജീവിതമായിരുന്നു ആര് ശങ്കറിന്റേത്.
ധനവകുപ്പ് കൈകാര്യം ചെയ്തിരുന്ന ആര് ശങ്കറിന്റെ പരിഷ്കാരങ്ങള് പലതും പിന്നീട് ഏറെ ശ്രദ്ധിക്കപ്പെട്ടു. 1972 നവംബര് ആറിന് ആര് ശങ്കര് വിടവാങ്ങി
